灌南县农业资源开发局目前共设立办公室和项目科两个科室，具体职责为：

 办公室：综合协调局机关日常工作；负责组织、协调机关文电处理、农业开发宣传和接待工作；组织起草有关综合性报告、文件，拟订局机关有关规章制度；负责局机关并指导所属单位的档案、保卫、保密等工作；负责局机关的基建、国有资产的管理和后勤服务工作；负责局机关并指导所属单位的党务、人事、群团、劳资、职称、职工教育、离退休人员管理服务等工作；负责局机关各项经费的管理；负责对所属单位财务监督、审计和业务指导。

 项目科：负责编制全县农业综合开发项目的中长期开发规划及各类专项规划；建立全县农业综合开发项目库，并面向社会进行公示；负责组织项目申报材料的编制申报、招标、建设、验收等项目实施过程管理及项目的年度竣工统计工作。